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总统职位
克林顿政府起步不稳，有些批评家称其为无能和错误判断的受害者。他为兑现竞选承诺而结束在军队中对男女同性恋的歧视的尝试遭到了保守派和一些军事领导人的批评，其中包括参谋长联席会议主席科林·鲍威尔将军。作为回应，克林顿提出了一项折衷政策，以“不要问，不说”来概括，未能解决问题的任何一方。在对他们雇用的家庭工人提出质疑之后，克林顿的前两名检察长候选人被撤职。克林顿签署竞选经费改革立法的努力被参议院的共和党反对派废除了，他的经济刺激方案也是如此。
克林顿在竞选期间曾承诺建立全民健康保险制度。保守派人士批评他任命妻子担任国家卫生保健改革特别工作组主席，这是该国第一夫人的一个新角色，他们反对这项安排的适当性和希拉里·罗德姆·克林顿（Hillary Rodham Clinton）的女权主义观点。他们与保险业，小型企业组织和美国医学协会的游说者一道，强烈反对该工作组最终提出的《健康安全法》。尽管与国会进行了旷日持久的谈判，但通过妥协立法的所有努力均告失败。
尽管有这些早期的失误，但克林顿的第一个任期还是取得了许多成功，其中包括国会通过了北美自由贸易协定，该协定为美国，加拿大和墨西哥创建了自由贸易区。克林顿还任命了几位妇女和少数族裔担任其整个政府的重要政府职务，其中包括珍妮特·里诺（Janet Reno）担任总检察长，唐娜·沙拉拉（Donna Shalala）担任卫生和公共服务部长，乔伊斯林·埃尔德斯（Joycelyn Elders）担任外科总干事，玛德琳·奥尔布赖特（Madeleine Albright）担任第一任女国务卿以及露丝（Ruth） Bader Ginsburg是美国最高法院的第二位女法官。在克林顿第一任期期间，国会制定了减少赤字的计划，参议院以戈尔的决胜分票通过了参议院，并通过了约30项主要法案，涉及教育，预防犯罪，环境以及妇女和家庭问题，包括暴力《反对妇女法》和《家庭和病假法》。
1994年1月，总检察长雷诺（Reno）批准了克林顿（Clinton）和他的妻子与阿肯色州房屋开发公司Whitewater进行的商业往来调查。白水案的调查由独立律师肯尼斯·斯塔尔（Kenneth Starr）于8月开始，耗时数年，耗资超过5,000万美元，但没有得到克林顿夫妇有不法行为的确凿证据。
1994年11月，在斯塔尔（Starr）领导下的怀特沃特（Whitewater）调查的延期，国会对克林顿（Clinton）医疗保健倡议的持续激烈辩论以及克林顿（Clinton）政策的自由性（使大量美国选民疏远了），都促成了1994年11月共和党的选举胜利该党40年来首次在国会两院中获得多数席位。克林顿（Clinton）身受重击，随后缓和了他的一些政策，并接受了一些共和党的提议，最终接受了更积极的削减赤字计划和对该国福利体系的大规模改革，同时继续反对共和党为削减政府在社会项目上的支出而进行的努力。最终，大多数美国选民发现自己比国会新共和党人的妥协和对抗行为更加疏远，而不是克林顿。克林顿以较温和的态度赢得了公众的同情。
克林顿在任期的外交政策举措包括在1994年9月至10月成功恢复海地总统的努力。让·贝特朗·阿里斯蒂德（Jean-Bertrand Aristide），于1991年因军事政变而被罢免；赞助和谈以及最终的《代顿协定》（1995年），目的是结束波斯尼亚和黑塞哥维那的种族冲突；并在为永久解决巴勒斯坦人和以色列人之间的争端的持续努力中发挥领导作用。1993年，他邀请以色列总理拉扎（Yitzhak Rabin）和巴勒斯坦解放组织主席亚西尔·阿拉法特（Yasser Arafat）前往华盛顿，签署了一项历史性协议，该协议授予巴勒斯坦人在加沙地带和耶利哥的有限自治权。
尽管丑闻离白宫从来都不远，但曾在政府任职的阿肯色同胞自杀身亡。有传言说在小石城发生了财务违规行为；前同伙被起诉并被定罪；并有涉及总统的性不当行为的谣言持续存在。克林顿在经济复苏和日趋强劲的推动下于1996年当选。在共和党人鲍勃·多尔（Bob Dole）和佩罗（Perot）的8％的投票中，他获得了49％的全民投票；选举以379票对159票。在克林顿第二任期内，经济持续强劲增长，最终创造了该国最长的和平时期扩张纪录。到1998年，克林顿政府开始监督自1969年以来的首次预算平衡，并且是该国历史上最大的预算盈余。蓬勃发展的经济还创造了历史最高水平的房屋所有权，并且创造了近30年来最低的失业率。
1998年，斯塔尔获准扩大其继续调查的范围，以确定克林顿是否鼓励一名24岁的白宫实习生莫妮卡·莱温斯基宣誓就谎称她和克林顿没有婚外情。克林顿一再公开否认这件事已发生。他的强迫性证词甚至对克林顿的支持者来说都是逃避和冒昧的（他回答了一个问题，称“这取决于词的含义”），这促使保守派和自由派人士再次批评克林顿的性格。事情的确凿证据曝光后，克林顿向他的家人和美国公众道歉。根据斯塔尔445页的报告和佐证，众议院于1998年批准了两项弹each条款，以伪证和妨碍司法公正。克林顿在1999年被参议院宣布无罪。尽管遭到了弹each，但克林顿的工作批准率仍然很高。
在外交事务中，克林顿于1998年12月下令对伊拉克进行为期四天的轰炸运动，以应对伊拉克未能与联合国武器检查员充分合作的情况（轰炸发生在国会就克林顿的弹each问题展开全面辩论之际）。1999年，以美国为首的北大西洋公约组织（北约）部队对南斯拉夫进行了为期三个月的轰炸，目的是制止塞尔维亚对科索沃省阿尔巴尼亚族的袭击。1998年和2000年，克林顿在访问爱尔兰和北爱尔兰时被誉为和平缔造者，并于2000年成为越战结束以来首位访问越南的美国总统。在总统任期的最后几个星期，他为促成以色列人与巴勒斯坦人之间的最终和平协议进行了一次失败的努力。克林顿离任前不久，遭到民主党人和共和党人的严厉批评，理由是他发出了许多可疑的赦免，其中包括对民主党主要贡献者的前配偶的赦免。
